אתגר המחקר המרכזי של NM STEM אינו מחויב להשתמש בדיוק באותן קטגוריות כמו ISEF, אם כי נעשה כל מאמץ להציע כמה שיותר. אם לקטגוריה יש פחות מ-3 פרויקטים שנרשמו לאחר סיום מיקומי הקטגוריה, הקטגוריה לא תיכלל באתגר המחקר וכל הפרויקט שנרשם בקטגוריה שבוטלה יועבר לקטגוריית הבחירה הבאה המתאימה ביותר לתחרות. משתתפים אשר מתאימים לתחרויות NM State ו/או ISEF חופשיים לשנות את בחירת הקטגוריה שלהם במהלך תהליך ההרשמה לתחרויות אלו.