בלשים גנומיים

מדעני UNM חוקרים וריאציות של וירוס הקורונה לרמזים לגבי ההמשך

כמו נגיף הקורונה החדש - המכונה למדענים בשם SARS-CoV-2- מתרבה, וריאציות מופיעות בקוד הגנטי שלו. מצטברים לאורך זמן, שינויים אלה הם כמו טביעות אצבע, ומשאירים שובל מסמן של רמזים היכן היה הנגיף והיכן הוא יכול להגיע.

מדעני אוניברסיטת ניו מקסיקו, דארל ל. דינווידי, דוקטורט ודריל דומן, דוקטורט משחק את התפקיד של בלשים גנומיים המנסים לפצח את המקרה.

הם חלק מקונסורציום לאומי שהוקם לאחרונה של אוניברסיטאות מחקר ומחלקות לבריאות הציבור המבקשות לעקוב אחר המחלה. התוכנית נקראת SARS-CoV-2 SPHERES, בחסות המרכז הלאומי למחלות זיהומיות מתעוררות וזואוטיות (סניף של המרכזים לבקרת מחלות ומניעתן) כדרך לאחד מידע חיוני על הנגיף.

דינווידי, פרופסור במחלקה לרפואת ילדים של האו"ם, ביצע במהלך השבועיים האחרונים רצף של מאות דגימות נגיף קורונה שהתקבלו ממחלקת הבריאות של ניו מקסיקו וממעבדת הבריאות הציבורית בוויומינג.

"לאחרונה סיימנו את 48 הגנומים הראשונים מניו מקסיקו", הוא אומר. "יש אינדיקציה חזקה שרוב הזיהומים הראשונים במדינה היו קשורים לנסיעות מרחבי העולם."

Dinwiddie שיתף פעולה בניתוח עם דומן, דוקטורנט, פרופסור במחלקה לרפואה פנימית. "הוא עושה הרבה ממה שאנו מכנים אפידמיולוגיה גנומית", אומר דינווידי ומוסיף כי לדומן יש ניסיון בעקבות התפרצויות של כולרה ברחבי העולם. "אנו משתמשים בשיטות דומות מאוד לחקר SARS-CoV-2."

הגנום החדש של נגיף הקורונה מקודד בחוטים של מולקולה בשם RNA. שינויים קלים ברצף הנוקלאוטידים בגדיל מספקים מידע על מידת הדוקות בין וירוס אחד לשני.

מדענים כמו דינווידי ודומן עובדים קשה על בניית ספרייה של דוגמאות אלה כדי ליצור עץ משפחה ויראלי.

ניתוח ראשוני של דגימות שנאספו בניו מקסיקו עולה כי היו מספר היכרות של הנגיף למדינה, דבר המתיישב עם דיווחים מוקדמים על מקרים בקרב אנשים שנסעו לחו"ל או מקומיים.

"אנו יכולים גם לומר מהניתוח הגנומי המוקדם שרוב הדגימות דומות יותר לזנים היוצאים מאירופה או מניו יורק", הוא אומר. "אנחנו לא רואים הרבה מאוד קשורים לזה של סין".

וריאציה גנומית ברבייה ויראלית היא תהליך טבעי. "עבור SARS-CoV-2 S קצב השינוי הגנומי היה יציב למדי", אומר דינווידי. "אנחנו יודעים כמה מהר זה משתנה. על סמך המידע הזה אנחנו יכולים לחזות כמה רחוק חזרה דוגמאות שונות".

הדגימות הנגיפות נלקחות ממקלחות אף שנאספו מחולים שבדקו חיוביות לזיהום נגיף הקורונה. הם מטופלים באמצעות נהלי אבטחה ביולוגית ומושבתים כך שהם כבר לא מדבקים, אומר דינווידי.