מאת אל גיבסון | יוני 27, 2022

רצף מהיר

התראה ציבורית לאומיקרון לאחר זיהוי מהיר על ידי מדעני UNM

זיהוי גרסאות חדשות של COVID-19 כשהן מתחילות להתפשט מהווה אתגר מדעי ולוגיסטי אדיר.

אבל הודות לשני מדענים מאוניברסיטת ניו מקסיקו שחקרו ועקבו אחר התפשטות SARS-CoV-2 (הנגיף שגורם ל-COVID-19) מאז תחילת המגיפה, מעקב גנומי הוא הדרך שבה ידענו מתי וריאנט Omicron היה הראשון הובא לניו מקסיקו.

בדצמבר 2021, דרל ל. דינוודי, דוקטור ודאריל דומן, דוקטור, מנהיגים משותפים של תוכנית המעקב הגנומית SARS-CoV-2 במרכז למדעי הבריאות של אוניברסיטת ניו מקסיקו (בתמיכת המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית) , זיהה את המקרה הידוע הראשון של וריאנט Omicron במדינה, שאיפשר אז תגובה מהירה לבריאות הציבור.

אנו מנסים לבצע ניתוח די בזמן אמת שבו אנו מקבלים דגימות ומעבדים אותן לרצף במהירות האפשרית. אז נוכל לספק מידע לרשויות הבריאות הציבוריות ולרופאים שלנו, מכיוון שניתן לשנות את המדיניות כאשר יש גרסה ניתנת להעברה יותר.

- דארל דינווידי, דוקטורט

תוך שבוע לאחר שמטופל בבית החולים UNM נבדק חיובי ל-COVID-19, המעבדה של דומן, המטפלת בניתוח של רצפי הגנום של SARS-CoV-2, קבעה שהדגימה היא וריאנט של Omicron.

דומן ודינווידי הודיעו מיד למחלקת הבריאות של ניו מקסיקו (DOH). למחרת, ה-DOH הצליח לפרסם הודעת שירות לציבור לפיה אומיקרון הגיע למדינה ועודד אמצעי זהירות נוספים.

"זה היה מהפך די מהיר," אמר דינווידי.

דינווידי, עוזר פרופסור במחלקה לרפואת ילדים של UNM, אמר שחקר ומעקב אחר SARS-CoV-2 והגרסאות שלו הועילו גם בניטור יעילות החיסונים.

"כשאנחנו מתחילים לראות הפחתה בהגנה על אנשים מחוסנים כאשר זן חדש של SARS-CoV-2 עולה, זו אינדיקציה שאולי החסינות שלהם דועכת", אמר דינווידי. "זה יכול לשמש את ה-CDC וה-FDA כדי לראות אם הם צריכים לאשר מאיץ נוסף."

לפני המגיפה, דינווידי, עוזר פרופסור במחלקה לרפואה פנימית, חקר וירוסים נשימתיים אחרים באמצעות בדיקות גנומיות, והמוקד של דומן היה מעקב גנומי אחר כולרה בקנה מידה עולמי. דומן אמר שתחומי המומחיות שלהם התחברו היטב כשהגיע הזמן להעביר את המיקוד שלהם לנגיף SARS-CoV-2 בתחילת 2020.

אני חושב שיש לנו כישורים ממש משלימים. אני חושב שעבור שנינו, זה היה מעבר די קל ליישם את מערכי הכישורים שלנו ל-SARS-CoV-2, וזו הסיבה שהצלחנו להסתובב כל כך מהר ולהניע דברים

- דריל דומן, דוקטורט

"אני חושב שיש לנו כישורים ממש משלימים", אמר דומן. "אני חושב שעבור שנינו, זה היה מעבר די קל ליישם את מערכי הכישורים שלנו ל-SARS-CoV-2, וזו הסיבה שהצלחנו להסתובב כל כך מהר ולהניע דברים."

השניים רצפו דגימות חיוביות עבור SARS-CoV-2 הן מבית החולים UNM והן מבתי חולים ברחבי ניו מקסיקו, וכן מחברת בדיקות אבחון גדולה בשם TriCore Reference Laboratories.

"זה באמת נתן לנו תובנה כיצד מביאים את הנגיף למדינה, ומאיפה הגיעו הזיהומים האלה", אמר דינווידי. "אז נוכל לעקוב אחר אלה שנכנסו והובילו להתפשטות הקהילה."

בעוד ארה"ב השתפרה באופן דרסטי בעבודת בילוש גנומית בשנתיים האחרונות, יש דבר אחד שהאט אותם: בדיקות COVID-19 בבית.

כמובן, היתרונות של בדיקות בבית עולים על השליליות, אבל הדגימות החיוביות האלה לא מוזנות למערכת המעקב.

"יש לזה השפעות דרמטיות לא רק עבורנו, אלא על ספירת המקרים", אמר דומן. "מבחינת גישה לדוגמא והבנה של מה שמסתובב במדינה ובאזורי ולאומי, זה בהחלט נושא שעלינו להתגבר עליו".

כדי להילחם בבעיה זו, דומן אמר כי מאמציהם, יחד עם TriCore ו-DOH, המטרה של ניו מקסיקו היא לרצף לפחות 5% מכל המקרים החיוביים בחודש נתון.

"זה קו בסיס די טוב," הוא אמר. "ברמה זו, בדרך כלל נאסוף את הגרסאות ותת-הווריאציות שמסתובבות ברחבי המדינה."