פתולוגיה גנומית
המעבדה שלי משתמשת בגנומיקה כדי לחקור כיצד מחלות זיהומיות מסוגלות לגרום למגיפות ולהתפשט במהירות ברחבי העולם. באמצעות זה אנו מקווים להדריך תוכניות בקרה טובות יותר שיהיו הרבה יותר יעילות במניעת התפשטות המחלות. כרגע אנו עוסקים בשלושה נושאים מרכזיים הכוללים (1) דינמיקת ההעברה והתפתחותה של כולרה מגיפה, (2) האפידמיולוגיה הגנומית של SARS-CoV-2 במערב ההר, ו (3) יישום גישות One Health להבנת עמידות מיקרוביאלית. .
כולרה משמשת מודל מצוין להבנת היבטים רבים של האפידמיולוגיה של מחלות שלשול בשל אופים הנפיץ של התפרצויות וצואה מיוחדת של אורז-מים. בהתבסס על חקירות ההעברה הגלובליות שלנו בעולם, ההתמקדות שלנו עוברת לאופן שבו נוכל לנצל מידע גנומי זה על קני מידה מרחביים הרלוונטיים להתערבויות בריאות הציבור, כגון משקי בית או מחוזות. אנו מעוניינים גם בתועלת של רצף בזמן אמת כדי לספק הערכות עצמאיות של פרמטרים אפידמיולוגיים מרכזיים, כגון R0 והערכות של מספר המקרים הכולל. בעזרת כלים אלה נוכל לספק תחזיות טובות יותר היכן התפרצות הכולירה הבאה עשויה להתרחש ואנו יכולים לתכנן התערבויות רציונליות המבוססות על ראיות לעצירת כולרה באזורים נפגעים.
החל ממרץ 2020, המעבדה שלי הסתגלה במהירות לעבודה על רצף הגנומים של SARS-CoV-2, הנגיף שאחראי למגיפת COVID-19 הנוכחית. יחד עם המעבדה של דארל דינווידי (UNM), אנו מובילים ברצף ובגנומיקה עבור ניו מקסיקו וויומינג ומהווים חלק מקונסורציום CDC-SPHERES. אנו עובדים בשיתוף פעולה הדוק עם מחלקות הבריאות של NM ו- WY, המעבדה הלאומית של לוס אלאמוס, כמו גם מתקני בדיקות אזוריים כדי להשיג דגימות ולספק ניתוח רלוונטי לניתוח התפרצות והיסטוריית ההדבקה של הנגיף ברחבי אזור הר המערבי. בתפקיד זה, ריצפנו כמעט 1,000 גנום ויראלי ממדינות ברחבי האזור. מטרתנו היא למסור פקידי בריאות הציבור שלנו נתונים הניתנים לפעולה על האופן שבו SARS-CoV-2 מתפשט בתוך ובין קהילות ומדינות.
יש לנו גם אינטרס רב ליישם את הטכניקות האפידמיולוגיות הגנומיות האלה להבנת האופן שבו גנים של עמידות מיקרוביאלית נעים דרך אוכלוסיות חיידקים והלחצים המניעים את התפשטות זו. שימוש לא הולם במיקרוביאלית ברפואת בעלי חיים ובני אדם תורם להגברת העמידות בקרב פתוגנים חיידקיים מרכזיים, כגון סלמונלה sp. ו- Escherichia coli. מאחר ובריאות בני האדם תלויה בבריאות הסביבה ובריאות בעלי חיים (כלומר בריאות אחת), הבנה כיצד גנים AMR ופתוגנים עמידים נעים בין אוכלוסיות של בעלי חיים-אנושיים-סביבתיים היא דבר חשוב ביותר.