ביל ניי הצטרף לפקולטה בשנת 1968 בערך כדי לתרום לאגף האנדוקרינולוגיה והמטבוליזם של הניהול הוותיק. הרקע שלו היה במטבוליזם של שומנים, והוא החל במהירות להשתתף במחקר קליני במחקרי כולסטרול. אפיון חולים עם "היפר-ליפידמיה" החל זה עתה בשימוש חקירתי של חלוקת ליפופרוטאין על ידי כרומטוגרפיה של נייר. הפרעה הראשונה במחלה הייתה "להקת ליפופרוטאין טרום בטא" הנראית מול רצועת הבטא ליפופרוטאין הרגילה. כך שחולים עם ליפופרוטאין זה של Prebeta נצפו כי הם בדרך כלל סובלים גם מסוכרת מסוג II. זו הייתה תחילת ההכרה בכך שכולסטרול גבוה הוא תוצאה של הפרעת חלבונים, מה שנקרא "ליפו-חלבון", ששינה את ההבנה של מחלות שומן וכולסטרול לנצח.
ביל יזם מחקרים על חולים עם שומנים בדם גבוהים, ודיווח על הקשר בין רמות אינסולין גבוהות בדם לבין ליפופרוטאינמיה Prebeta שהוכיחו. הוא גם דיווח על תיקון החריגות של הליפופרוטאין לאחר טיפול בתרופות מוקדמות נגד שומנים. תצפיות אלו בקרב מתנדבים אינדיאנים ואנגלו היו בין הראשונים שביססו את הקשר בין הפרשת אינסולין להיפרליפמיה שהפכה היום לעובדה בסיסית של הפיזיולוגיה.
כדי לבצע את החקירות הללו, ביל ואני היינו עוזבים את אלבוקרקי לעתים קרובות לפני עלות השחר, נוסעים לבית החולים לשירותי הבריאות ההודיים של גלופ כדי לראות ערכי אינסולין ושומנים בדם אצל גברים ונשים הסובלים מהשמנת יתר ו/או סוכרת. ראוי לציין כי מדידת אינסולין בסרום דרשה בדיקה רדיואימונית, שלא הייתה זמינה במעבדות קליניות בשנים הראשונות, ונערכה במעבדות המחקר של UNM SOM בחטיבה האנדוקרינית. אותם מסעות בוקר מוקדמים כשזריחת השמש מאחורינו הם זיכרונות נפלאים שחלקנו בי ואני כשחצינו את הכפר המקסיקני החדש והיפה.
בשנים הראשונות האלה היו כל כך מעט סגל באנדוקרינולוגיה או מטבוליזם שהצטרפנו יחד עם הפקולטה לנפרולוגיה לסיבובי הוראה שבועיים. בסבבים אלה עם ביל ואני נכללו מרטין קונווי האנדוקרינולוג החדש ממרפאת לאבלייס, בוב וואנג וג'ין קלינגר ממחלקת הכליות של VA ורון טאטום האנדוקרינולוג מהקהילה. יחד כולנו הובלנו תוכנית הוראה דינאמית למתמחים, תושבים וסטודנטים. ביל היה אדם טוב, רופא איתן ומדען מסור שתרם משמעותית להקמת תוכנית מחקר קלינית מהשורה הראשונה בבית החולים אלבוקרקי VA. בעוד שנותיו איתנו נקטעו, תרומותיו היו חשובות ומתמשכות, תוך התמקדות בערך המחקר כבסיס להוראה.